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Dal 1949 il compito di istruire e conservare sia i decreti che le delibere era dell'Ufficio Affari Generali della Segreteria Generale della Presidenza. Nel 1953, con la legge regionale n. 19, l'Ufficio Affari Generali della Segreteria Generale della Presidenza si articola in varie divisioni, tra cui la Divisione Affari Generali, che svolge anche compiti di Segreteria di Giunta.
A partire dal 1977, con delibera di Giunta n. 47 del 4 novembre 1977, viene costituito il Servizio Segreteria della Giunta, che eredita le funzioni di segreteria svolte, fino a questa data, dalla Divisione Affari Generali della Presidenza. I compiti del nuovo Servizio sono:
a) assolvere alle incombenze relative allo svolgimento delle sedute di Giunta e dei Dipartimenti;
b) curare la trattazione degli affari di Segreteria della Giunta e dei Dipartimenti;
c) curare la raccolta ufficiale dei verbali della Giunta e dei Dipartimenti;
d) curare l'attuazione di quanto altro la Giunta riterrà dover affidare a detta segreteria.
La legge regionale n. 51/1978 riforma l'ordinamento degli uffici regionali introducendo un'articolazione dell'organizzazione amministrativa regionale in Servizi e Settori, e istituendo i Coordinatori, tra cui quello Generale della Presidenza della Giunta.
Nel 1984, in attuazione di quanto disposto dalla legge regionale n. 51 del 1978, con decreto del presidente della giunta regionale n. 110 del 1984 viene emanato il regolamento di istituzione di diversi Servizi e Settori. Questo decreto verrà in seguito annullato e sostituito dal decreto del presidente della giunta regionale n. 112/1986: in base a quest'ultimo atto regolamentare le funzioni di supporto e di segreteria dell'attività della Giunta vengono svolte dal Settore della Segreteria della Giunta, all'interno del Servizio della Giunta e dei Dipartimenti.
Con il decreto del presidente della giunta regionale n. 4/2000 il Settore viene elevato al rango di servizio facente capo alla Direzione Generale della Presidenza della Giunta. In base a tale decreto le competenze del Servizio di Segreteria di Giunta consistono nello svolgimento dell'attività istituzionale di supporto alle attività della Giunta in materia di indirizzo, controllo, vigilanza e tutela degli Enti Strumentali; inoltre, nella cura, nella raccolta, nella conservazione delle deliberazioni della Giunta e nella regolamentazione dell'accesso all'archivio di esse.
Con il decreto del presidente della Giunta regionale n. 66/2005 il Servizio di Segreteria di Giunta perde l'attività di indirizzo, controllo, vigilanza e tutela degli Enti Strumentali, trasferita alle competenze del Servizio Affari generali e Istituzionali della Direzione generale della Presidenza della Giunta.
E' compito del Servizio di Segreteria di Giunta analizzare le proposte di deliberazione e inserirle nell'ordine del giorno della prima seduta utile; l'ordine del giorno viene poi trasmesso agli Assessori e successivamente discusso e approvato dalla Giunta. Il Servizio procede al riordino della documentazione sulle decisioni adottate dalla Giunta e alla formalizzazione delle deliberazioni, e trasmette infine la copia conforme delle deliberazioni agli Assessorati e agli uffici interessati per i successivi adempimenti. La deliberazione in originale viene conservata, a cura dello stesso Servizio, nella serie tipologica. Queste funzioni sono confermate anche dalla Deliberazione n. 46/21 del 2011